De ziekenfondsen zijn een belangrijke stem in het federaal overleg, en zetelen dan ook in de vele commissies en comités, waarin de verdere ontwikkeling van de ZIV of het gezondheidszorgsysteem besproken en beslist wordt in overleg met de overheid, artsen, tandartsen, ziekenhuizen en andere actoren. Het departement Vertegenwoordiging en Studies neemt dan ook deel aan bijvoorbeeld het Verzekeringscomité van het RIZIV, of de Medicomut waarin de zorgverleners en ziekenfondsen in overleg gaan en afspraken maken. In regionale dossiers is de positie van het ziekenfonds een beetje verschillend. In Vlaanderen is het ziekenfonds nauw betrokken in dossiers als preventie, maar het is dan weer de Zorgkas die de gesprekspartner van de Vlaamse overheid is inzake de Vlaamse Sociale Bescherming.