Au niveau régional, la position des mutualités est légèrement différente. Ainsi, en Flandre, les mutualités sont étroitement impliquées dans des dossiers tels que la prévention mais c'est la Zorgkas qui est l'interlocuteur privilégié du gouvernement flamand pour la Vlaamse Sociale Bescherming (la protection sociale flamande). En Wallonie et à Bruxelles, c’est le modèle fédéral de cogestion du système qui a été adopté. Les mutualités bruxelloises et wallonnes, aux côtés des sociétés mutualistes régionales, participent activement aux discussions techniques, budgétaires et stratégiques sur les dossiers régionaux en matière de soins et de santé. Les experts du département Représentation et Études participent aux travaux de ces instances de concertation régionales.