Tous les certificats ne donnent pas lieu à une indemnité d'incapacité de travail. Il arrive en effet plus souvent que des certificats soient remis à la mutualité mais qu’aucune indemnité ne soit payée. Dans ce cas, les travailleurs tombent sous le salaire garanti, payé par leur employeur.
En 2020, de nombreuses personnes nous ont fourni un certificat avec le diagnostic "coronavirus" par l'intermédiaire de leur médecin traitant, mais cela n'a pas conduit à autant de paiements d’indemnités d'incapacité. C’est particulièrement frappant pour la première vague de la Covid-19. Elle a été caractérisée par beaucoup de peur et de chaos, et il est tout à fait probable que de nombreuses personnes aient remis un certificat "juste pour être sûres", car on ne savait pas combien de temps une personne serait malade à cause de la Covid-19.
Les certificats ont également été délivrés plus facilement par les médecins, par exemple pour protéger les personnes à risque d’une contamination grâce à la quarantaine à domicile. Un autre facteur qui a pu jouer un rôle dans ce phénomène est le "certificat médical d'incapacité simplifié" qui a été introduit à la mi-mars en raison de la crise sanitaire. Aucun contact physique n’est requis pour ce type de certificat. Il s’agit d’un modèle prévu pour les consultations téléphoniques effectuées par le médecin traitant pendant la crise de la Covid-19.